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Material didático

Material didático e links úteis para iniciar ou aprofundar seus conhecimentos!

Os clássicos da história

1. Systematic functional analysis of the yeast genome

A primeira vez na literatura em que a palavra "metaboloma" é definida (análoga ao termo genoma).

Autores: Oliver, S. G., Winson, M. K., Kell, D. B., & Baganz, F.

Ano: 1998

2.'Metabonomics': understanding the metabolic responses of living systems to pathophysiological stimuli via multivariate statistical analysis of biological NMR spectroscopic data

A primeira vez na literatura em que a palavra "metabonomics" é utilizada.

Autores: Nicholson, J. K., Lindon, J. C., & Holmes, E.

Ano: 1999

3. Metabolite profiling for plant functional genomics

A primeira vez na literatura em que a palavra "metabonomics" é utilizada.

Autores: Fiehn, O., Kopka, J., Dörmann, P., Altmann, T., Trethewey, R. N., & Willmitzer, L.

Ano: 2001

4. XCMS: Processing mass spectrometry data for metabolite profiling using nonlinear peak alignment, matching, and identification

A inauguração do XCMS, atualmente a maior plataforma "open access" para o pré-processamento de dados e muitos mais!

Autores: Smith, C. A., Want, E. J., O'Maille, G., Abagyan, R., & Siuzdak, G.

Ano: 2006

5. HMDB: the Human Metabolome Database

A primeira publicação da iniciativa HMDB. Um trabalho enorme e impressionante que hoje é sem dúvida a plataforma mais acessada na área.

Autores:  Wishart, D. S., D. Tzur, and C. Knox et al.

Ano: 2007

Livros

1. Computational Methods and Data Analysis for Metabolomics

O livro tem como enfoque a compreensão e interpretação dos dados gerados em metabolômica. O livro é um guia através do processamento de dados, uso de bancos de dados, técnicas de análise de dados e integração com outros tipos de dados.

Editor: Shuzhao Li

Ano: 2020

2. Metabolomics: From Fundamentals to Clinical Applications

O livro consiste em uma visão geral e compreensiva a respeito da metabolômica, dos conceitos básicos ao preparo de amostras e metodologias analíticas, além de interpretação de dados e aplicações na medicina.

Editora: Alessandra Sussulini

Ano: 2017

3. Metabolomics, Metabonomics and Metabolite Profiling

Os editores agrupam referências na área e fornecem uma introdução à tecnologia e metodologia utilizada na área. O livro, no entanto, cobre uma grande diversidade de tópicos e pretende ser útil para acadêmicos, estudantes, técnicos e profissionais trabalhando nesta área

Editor: William J. Griffiths

Ano: 2009

4. The Handbook of Metabonomics and Metabolomics

Este livro tem como objetivo apresentar um trabalho definitivo nesta área. Ele inclui os princípios por trás desta ciência, as técnicas analíticas e estatísticas utilizadas e um grande número de exemplos de aplicações.

Editores: John C. Lindon, Elaine Holmes and Jeremy K. Nicholson

Ano: 2007

Reviews

Uma seleção com algumas das publicações mais citadas em diversas sub-áreas da metabolômica nos últimos 5 anos (Fonte: Web of science)

1. NMR Spectroscopy for metabolomics research

Autores:  Emwas, A. H., Roy, R., McKay, R. T., Tenori, L., Saccenti, E., Gowda, G. A., ... & Wishart, D. S.

Ano: 2019

2. Challenges, progress and promises of metabolite annotation for LC-MS-based metabolomics

Autores: Chaleckis, R., Meister, I., Zhang, P., & Wheelock, C. E.

Ano: 2019

3. Integrated omics: tools, advances and future approaches

Autores: Misra, B. B., Langefeld, C., Olivier, M., & Cox, L. A.

Ano: 2019

4. The exposome: molecules to populations

Autores:  Niedzwiecki, M. M., Walker, D. I., Vermeulen, R., Chadeau-Hyam, M., Jones, D. P., & Miller, G. W.

Ano: 2019

5. Software tools and approaches for compound identification of LC-MS/MS data in metabolomics

Autores: Blaženović, I., Kind, T., Ji, J., & Fiehn, O.

Ano: 2018

6. Identification of small molecules using accurate mass MS/MS search

Autores: Blaženović, I., Kind, T., Ji, J., & Fiehn, O.

Ano: 2018

7. Guidelines and considerations for the use of system suitability and quality control samples in mass spectrometry assays applied in untargeted clinical metabolomic studies

Autores: Broadhurst, D., Goodacre, R., Reinke, S. N., Kuligowski, J., Wilson, I. D., Lewis, M. R., & Dunn, W. B.

Ano: 2018

8. Integrative omics for health and disease

Autores: Karczewski, K. J., & Snyder, M. P.

Ano: 2018

9. Quality assurance procedures for mass spectrometry untargeted metabolomics. a review

Autores: Dudzik, D., Barbas-Bernardos, C., García, A., & Barbas, C.

Ano: 2018

10. Multi-omics approaches to disease

Autores: Hasin, Y., Seldin, M., & Lusis, A.

Ano: 2017

11. The future of NMR-based metabolomics

Autores: Markley, J. L., Brüschweiler, R., Edison, A. S., Eghbalnia, H. R., Powers, R., Raftery, D., & Wishart, D. S.

Ano: 2017

12. Metabolomics and Metabolic Diseases: Where Do We Stand?

Autores: Newgard, C. B.

Ano: 2017

13. A review of blood sample handling and pre‐processing for metabolomics studies

Autores: Hernandes, V. V., Barbas, C., & Dudzik, D.

Ano: 2017

14. Plant metabolism, the diverse chemistry set of the future

Autores: Wurtzel, E. T., & Kutchan, T. M.

Ano: 2016

15. Non-targeted UHPLC-MS metabolomic data processing methods: a comparative investigation of normalisation, missing value imputation, transformation and scaling

Autores: Di Guida, R., Engel, J., Allwood, J. W., Weber, R. J., Jones, M. R., Sommer, U., ... & Dunn, W. B.

Ano: 2016

16. Microbiome-wide association studies link dynamic microbial consortia to disease

Autores: Gilbert, J. A., Quinn, R. A., Debelius, J., Xu, Z. Z., Morton, J., Garg, N., ... & Knight, R.

Ano: 2016

17. Emerging applications of metabolomics in drug discovery and precision medicine

Autores: Wishart, D. S.

Ano: 2016

18. Metabolomics: beyond biomarkers and towards mechanisms

Autores: Johnson, C. H., Ivanisevic, J., & Siuzdak, G.

Ano: 2016

19. Mass spectrometry imaging for plant biology: a review

Autores: Boughton, B. A., Thinagaran, D., Sarabia, D., Bacic, A., & Roessner, U.

Ano: 2016

20. Mass spectral databases for LC/MS- and GC/MS-based metabolomics: State of the field and future prospects

Autores: Vinaixa, M., Schymanski, E. L., Neumann, S., Navarro, M., Salek, R. M., & Yanes, O.

Ano: 2016

21. Chemometric methods in data processing of mass spectrometry-based metabolomics: A review

Autores: Yi, L., Dong, N., Yun, Y., Deng, B., Ren, D., Liu, S., & Liang, Y.

Ano: 2016

22. Current state of the art of mass spectrometry-based metabolomics studies – a review focusing on wide coverage, high throughput and easy identification

Autores: Wang, Y., Liu, S., Hu, Y., Li, P., & Wan, J. B.

Ano: 2015

23. Comprehensive analysis of lipids in biological systems by liquid chromatography-mass spectrometry

Autores: Cajka, T., & Fiehn, O.

Ano: 2015

Links úteis

Organizações internacionais, plataformas de tratamento de dados e identificação de metabólitos e muito mais!

Diversos

1. Human Metabolome Database

Maior banco de dados de moléculas, com descrições, espectros de fragmentação e muito mais.
 

2. XCMS

Plataforma para pré-processamento de espectros e tratamento estatístico.

3. Metaboanalyst

Plataforma muito utilizada para análises estatísticas e visualização dos dados.

4. Metlin

Focada principalmente na identificação de metabólitos.

5. Mummichog

Permite realizar a busca de features considerando-se as diferentes rotas metabólicas, sem a necessidade de identificação prévia dos metabólitos.

6. ​Metabolomics Subject from Nature

Últimas atualizações da área em uma das revistas mais renomadas do mundo científico.

7. ​GNPS

A Global Natural Products Social Molecular Networking é uma página que visa ser uma base de conhecimento de livre-acesso para organização e compartilhamento de dados brutos, processados ou anotados de espectrometria de massa
 

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